La bio-informatique une spécialité méconnue ? Comment est elle perçue par les scientifiques ? Un entretien avec Alexandre Brochard, bio-informaticien au Neurocentre Magendie
		Après une Maîtrise de Biochimie option neurosciences à l'Université de Caen et un Master Bioinformatique à l' Université de Bordeaux 2, les missions d' Alexandre Brochard (ingénieur en bioinformatique depuis 2005 à Magendie) rentrent dans le cadre de l’étude des mécanismes physiopathologiques de la toxicomanie au sein du CRI U862 et en collaboration avec le Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB). Il est en charge de définir, concevoir, mettre en place et maintenir un système de gestion, de stockage et d’analyse des données d’expression génique et d’échantillonnage des puces à ADN et enfin de réaliser les différentes étapes de développement .

	Alexandre Brochard . Eclairez nous sur la bio-informatique ? Alexandre Brochard Le terme bio-informatique est apparu dans le vocabulaire scientifique au début des années 1990. Mais son existence à proprement parler remonte bien plus loin, avant l’apparition de la génomique, quand beaucoup de laboratoires à travers le monde travaillaient en biomathématique, une discipline censée répondre aux besoins de la biologie moléculaire. La bio-informatique désigne en réalité l’analyse, l’interprétation de l’information biologique, et non à l’utilisation de l’ordinateur. Cette science, à la croisée de la biologie, de l’informatique, des statistiques et de la physique, consiste en l’application des techniques informatiques au traitement massif de données biologiques et constitue donc la «biologie in silico», par analogie avec in vitro ou in vivo. Cette discipline vient s’ajouter aux autres domaines de compétences associés à la biologie comme la biostatistique ou la biophysique. Est-ce qu’en fait le titre de bio-informaticien ne recouvre pas plusieurs métiers ? Alexandre Brochard Il est vrai que le terme « bio-informatique » ou « bio-informaticien » est assez ambigu pour la plupart des personnes ; et c’est aussi le cas dans la pratique puisqu’on associe souvent le bioinformaticien à plusieurs métiers différents tels que la programmation quand elle concerne des données biologiques (par exemple l’analyse de séquences nucléiques et protéiques), la gestion de bases de données (génomique, transcriptomique, protéomique …), ou encore la modélisation des populations, la modélisation moléculaire, la reconstruction d'arbres phylogénétiques. Le Bio Informaticien a t’il nécessairement une double compétence biologie-informatique pour exercer son métier ?		AB Depuis une dizaine d’années, les universités ont mis en place de nombreuses filières de spécialisation en bioinformatique (Master, Thèse) pour répondre au besoin grandissant d’ingénieurs et bio-informaticiens dans le domaine de la génomique traitée dans les laboratoires publics et privés suite à la croissance exponentielle du volume de données biologiques .La plupart de ces formations sont ouvertes à des candidats issus soit d’un cursus en biologie soit d’un cursus en informatique. C’est ainsi qu’après avoir réalisé une Licence et Maîtrise en Biochimie option Neurosciences à l’Université de Caen , où j’avais déjà pu constater le besoin de telles compétences, j’ai décidé de me spécialiser en réalisant un Master en Bioinformatique à l’Université de Bordeaux 2. La double compétence biologie-informatique est pour moi indispensable lorsqu’on travaille dans un laboratoire. En effet, mes connaissances en biologie moléculaire, biochimie et neurosciences sont un réel plus dans mon travail puisqu’elles me permettent de mieux comprendre et interpréter les données biologiques que je suis amené à traiter et de mieux répondre aux besoins des scientifiques. Comment êtes vous perçu par les scientifiques ? Il y a déjà des informaticiens dans les laboratoires, est ce déroutant pour les chercheurs ? AB Les scientifiques ont souvent du mal à faire la différence entre bio-informaticiens et informaticiens. De ce fait, la bioinformatique est un domaine encore mal reconnu au sein des laboratoires publics ou privés et il est rare de trouver plus d’un poste de bio-informaticien dans le même laboratoire même si le besoin est très grand. Il est compréhensif de confondre l’activité d’un bio-informaticien avec celle d’un informaticien, dès lors que sa journée de travail consiste à utiliser majoritairement un ordinateur !		Mais il est important de bien faire la distinction entre ces 2 métiers car, de par leurs compétences, l’un ne peut remplacer l’autre. Le bioinformaticien est lui responsable de l’analyse et de l’interprétation de données et de ce fait travaillera plus sur le développement de méthodes pour automatiser ce traitement d’informations. L’informaticien gèrera plus le côté matériel du laboratoire (gestion des réseaux et serveurs, installation et maintien du parc informatique et téléphonique ...). Quel type de question , quel type de besoin va exprimer le chercheur qui s’adresse pour la première fois à un bio informaticien ? AB Il peut s’agir d’un besoin ponctuel dans le cas où un chercheur a obtenu un large volume de données à analyser, ce qui peut nécessiter de développer un programme spécifique pour les traiter, ou encore dans le cas de la mise en place d’une solution logicielle adaptée. Ce besoin peut aussi se révéler être un besoin à long terme ce qui peut amener le chercheur et le bio-informaticien à collaborer pour développer et mettre en place un outil qui sera par la suite régulièrement utilisé. Le besoin en bioinformatique au sein du Neurocentre Magendie peut se présenter de différentes façons: * disposition et maintenance de ressources informatiques (Bases de données, programmes) * support (assistance, formation) * réalisation d’applications, mise en place de solutions existantes (logiciels libres) ou réalisation de travaux à façon * Exemples d'applications: gestion et automatisation de traitement de données, annotation de banques d'EST, analyse et recherche de séquences biologiques, détection de SNP, BLAST à grande échelle, comparaison de génomes. * Travaux déjà réalisés : application web base de données transcriptomique, développement d’un script		pour le logiciel d’acquisition de données d’électrophysiologie Spike2 adapté aux besoins de l’équipe, bioanalyse des données Microarray et PCR (Excel, STATISTICA, Sigma Plot, recherche d’informations sur l’ontologie, le positionnement chromosomique, les voies métaboliques) … Quel développement effectuez vous au Neurocentre Magendie ? AB J’ai été amené à développer l’application web GEASE à partir du logiciel BASE, dédiée au stockage, à la gestion, et à l'analyse des données d'expression. Cet outil permet plus précisément: i) Le stockage des données physiologiques (ex: genotypes, tissus associés aux échantillons, types de stress ...), ii) La gestion et suivi des échantillons et des quantités et volumes utilisés (LIMS), iii) Le traitement des données de PCR quantitative, incluant la représentation graphique des plaques, la normalisation et le calcul des variations d'expression, iv) L’intégration de relations d'orthologie pour comparer les données de plusieurs espèces v) La définition interactive de requêtes complexes modulant des cut-offs pour plusieurs paramètres (fold change, pvalue, identifiant de gène) et combinant des critères avec des opérateurs logiques, vi) Un script d'annotation qui met à jour régulièrement (quasi quotidiennement) les informations (nom de gène, positionnement chromosomique, ontologie ...) sur les gènes. Les principales fonctionnalités de ce système sont la possibité de comparer les données microarray et qPCR au sein d'une ou de plusieurs espèces et de retrouver des listes de gènes avec des liens vers les banques de données publiques et des informations sur l'ontologie. Avoir un conseil ! contactez alexandre.brochard(a)inserm.fr recueillis par Yves Deris 8 X 2009